- Memperlancar arus perpindahan orang atau barang melalui perairan dengan mengutamakan dan melindungi pelayaran Nasional dalam menunjang,menggerakan dan mendorong pencapaian tujuan pembangunan Nasional.
- Memantapkan perwujudan wawasan Nusantara.
- Memperkukuh ketahanan Nasional.
Pelaksanaan kegiatan Pemerintahan di Pelabuhan meliputi:
- Fungsi keselamatan pelayaran
- Fungsi Bea dan Cukai
- Fungsi Imigrasi
- Fungsi Karantina
- Fungsi Keamanan dan Ketertiban
Perusahaan yang ingin melakukan pengangkutan di wilayah perairan wajib mengangkut penumpang dan/ atau barang setelah disepakati perjanjian pengangkutan.Di samping kewajiban utama tersebut,pengangkut perlu juga mencantumkan pada dokumen pengangkutan atau dalam perjanjian pengangkutan bahwa pengangkut wajib:
- Menjaga keselamatan barang yang diangkut sejak penerimaan hingga saat penyerahan
- Menjaga keselamatan penumpang sejak saat naik ke Kapal hingga saat turun dari Kapal.
Pengangkutan di wilayah perairan terdapat dalam Peraturan Pemerintah RI No.82 Tahun 1999 Tentang Pengangkutan di perairan dalam Pasal 1 Bab I dan Pasal 2-13 Bab II.